叛军将领在列队的叛军面前依次被斩首处决――岛上的李朝刽子手不够用，还专门从叛军中招募来了有过处决经验的牌刀手。一时间校场上血流成河，三军股栗。处决结束之后将首级装匣，再运往屺姆岛。
冯宗泽没有观看这壮观的处决场面，他还沉浸在自己充当“正义的炽天使”的角色之中。特别是这套伟光正的台词他已经练习了很久，让他充分的过了一把洒狗血的瘾。
将叛军将领全部处决的命令直接来自发动机指挥部，尽管有人认为孔有德等人曾经起兵反清，最后投降满清也有不得已之处。而且孔和耿的统御力、战术水平颇高，完全可以充当殖民武装的急先锋去东南亚――派去越南或者其他东南亚地区祸害当地土人。
但是这一提议经过执委会和元老院常委会讨论后被否决了。要收编东江旧部就不能保留这些高级将领，这是其一；其二，鹿文渊等人在发动机行动中和李、孔等人做了不少见不得人的暗中交易，这些事情只有李孔等人知晓，为了保证将来的政权合法性，不给未来的有良心的历史学家以可乘之机，这种事必须彻底的予以抹去。
用其攻略东南亚，若无对其部队足够的控制和后勤支援，不是因为水土不服全军覆没，就是被某一土人势力收买，反而成为元老院的敌人；即使他们自己打出了一片天地，也绝不会听命于元老院。
而且这支从登州城下撤出来的军队，不但大多是李、孔等人的嫡系人马，更是一群在登州之乱中杀红了眼，饮饱了鲜血的恶狼，必须给予最大的精神震撼才能让他们“知畏”。
将近二万乱军在观摩处决结束后，被分批押送去净化甄别。凡是诸将的家丁亲兵仆役都被单独分出来关押。净化结束之后全部发往三亚充当矿工。普通士兵编成“劳动大队”，头三年不算积分，第四年开始按照工作量计算积分准许自赎。随军的工匠、水手和叛军掳掠来得人口净化之后作为移民另外安置。
叛军撤出登州之后第三天，第一个得到消息的孙元化嫡系部将张焘首先率军抵达登州，随后山东行营的人马也如潮水一般涌来，登州就此宣告收复。
为了避免和急于抢功占地盘的官兵发生冲突，朱鸣夏事先已经率部撤出了登州，将空城留给了官军。
济州岛的处决结束之后，冯宗泽派快船将首级匣和部分俘虏送回屺姆岛，交给鹿文渊。
鹿文渊将李九成、孔有德等人的首级匣子和被饶过性命的原官军将领派人秘密送还给了孙元化，作为张焘等人的功劳。至
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